Τα αυτοάνοσα νοσήματα μπορεί να προκληθούν από γενετική προδιάθεση, έντονο άγχος, μετά από κάποια λοίμωξη και άλλους πολλούς παράγοντες που απορρυθμίζουν το ανοσοποιητικό σύστημα.
Τα αντισώματα που παράγονται στο σώμα για να καταπολεμούν εισβολείς, στρέφονται ενάντια στον οργανισμό.