Η νόσο Χασιμότο προχωράει σταδιακά καταστρέφοντας τον θυρεοειδή αδένα ο οποίος με την σειρά του επηρρεάζει ολόκληρο το υπόλοιπο σώμα. 
Το κάθε στάδιο εκδηλώνεται με μια περίοδο υποτροπής η έξαρσης του ασθενούς.
Πως διακρίνουμε μια φάση υποτροπής στην Χασιμότο?
Δυστυχώς δεν υπάρχουν ξεκάθαρες επιστημονικές απαντήσεις σε αυτή την ερώτηση και έτσι λοιπόν υπάρχουν γενικότερα ασυμφωνίες και ισχυρισμοί όπως οι παρακάτω:
