Οι αυτοάνοσες νόσοι του θυρεοειδούς, ανάμεσά τους και η θυρεοειδίτιδα Χασιμότο, θεωρούνται οι πιο κοινές αυτοάνοσες διαταραχές και πολλές φορές μπορεί να σχετίζονται με αυτοάνοσες νόσους άλλων ενδοκρινών αδένων καθώς και με μη -ενδοκρινικές νόσους.
Ο προσδιορισμός του τίτλου των αντιθυρεοειδικών αυτοαντισωμάτων απαιτείται για την εργαστηριακή διάγνωση της θυρεοειδικής αυτοανοσίας.
Στα αυτοαντισώματα αυτά συγκαταλέγονται τα αντισώματα ενάντια στην θυρεοειδική υπεροξειδάση (TPOAb) και αυτά της θυρεοεσφαιρίνης (TgAb).